Awal berdiri BPTU HPT SIBORONG BORONG bernama BALAI PEMBIBITAN TERNAK DAN HIJAUAN MAKANAN TERNAK (BPT- HMT) SINUR SIBORONG BORONG sesuai dengan surat keputusan Menteri Pertanian No.313/KPTS/V/ORG/78 tanggal 25 Mei 1978 dengan jenis kegiatan:

1. Pemeliharaan ternak babi, kelinci, dan kerbau

2. Hijauan makanan ternak

Kemudian pada tahun 2002 berganti nama menjadi BALAI PEMBIBITAN TERNAK UNGGUL BABI DAN KERBAU SIBORONG BORONG sebagai Unit Pelayanan Teknis (UPT) Direktorat Jenderal Peternakan, dalam surat keputusan Menteri Pertanian No. 288/KPTS/OT.210/4/2002, tanggal 16 April 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja balai, bahwa BPTU BABI DAN KERBAU SIBORONG BORONG adalah UPT yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Perbibitan.

Pada tahun 2013 Organisasi dan Tata Kerja disempurnakan menjadi BALAI PEMBIBITAN TERNAK UNGGUL DAN HIJAUAN PAKAN TERNAK SIBORONG BORONG (BPTU HPT SIBORONG BORONG) sebagai Unit Pelayanan Teknis (UPT) Direktrorat Jenderal Peternakan dalam surat keputusan Menteri Pertanian No.56/PERMENTAN/OT.140/5/2013, tanggal 24 Mei 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja bALAI PEMBIBITAN TERNAK UNGGUL DAN HIJAUAN PAKAN TERNAK SIBORONG BORONG  adalah UPT yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan dan secara teknis dibina oleh Direktur Perbibitan dan Direktur Pakan Ternak.